向GenBank提交数据
· 关于提交序列数据,收到 accession number,和对纪录作更新的一般信息。
· BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。(请在提交前用 VecScreen 去除载体)
· Sequin - 提交软件程序,用于一条或者很多条的提交,长序列,完整基因组,alignments,人群/种系/突变研究的提交。可以独立使用,或者用基于TCP/IP的"network aware"模式,可以链接到其他NCBI的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。(请在提交前用VecScreen去除载体)
· ESTs - 表达序列标签,短的、单次(测序)阅读的cDNA序列。也包括来自于差异显示和 RACE 实验的 cDNA 序列。
· GSSs - 基因组调查序列,短的、单次(测序)阅读的cDNA序列,exon trap 获得的序列,cosmid/BAC/YAC 末端,及其他。
· HTGs - 来自于大规模测序中心的高通量基因组序列,未完成的(阶段0,1,2)和完成的(阶段3)序列。(注意:完成的人类的HTG序列可以同时在 GenBank 和 Human Genome Sequencing 页面上访问。)
· STSs - 序列标签位点。短的在基因组上可以被唯一操作的序列,用于产生作图位点。
· 注:SNPs - 人类的和其他物种的遗传变异数据可以提交到NCBI数据库的单核苷酸多态性库中(dbSNP)。
国际核苷酸序列数据库合作组织
· GenBank,DDBJ,EMBL - 合作计划的概述,并链接到相应的主页。GenBank,DDBJ(DNA Data Bank of Japan),and EMBL (European Molecular Biology Laboratory)数据库共享的数据是每天都交换的,因此他们是相等的。数据纪录的格式和搜索方式可能会不一样,但是accession number,序列数据和注解都是一模一样的。即,你可以用accession number U12345在GenBank,DDBJ或EMBL中查找相应纪录,得到的结果是完全一样的序列数据,参考内容等等。
· DDBJ/EMBJ/GenBank 特性表 - 特性表格式和标准被合作数据库用在序列记录的注释上,使得数据共享成为可能,包括详细的描述生物特性和特性限定语的附录,以及IUPAC规定的核苷酸和氨基酸的代号。
FTP GenBank 及每日更新
· GenBank普通文件格式 - 参见GenBank记录样本和在GenBank公布通知中的详细描述,下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。
· ASN.1格式 - 摘要句法记号1,国际标准组织(ISO)数据表示格式,下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。
· FASTA格式 - 定义行号后只跟随序列数据(示例),参见描述数据库的readme文件,包括nt.Z(每天更新的非冗余BLAST核酸数据库,包括GenBank+EMBL+DDBJ+PDB序列,但是不包括EST, STS, GSS, or HTGS序列),nr.Z(每日更新的非冗余蛋白质),est.Z, gss.Z, htg.Z, sts.Z,和其它文件。