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GenBank的一般简单介绍

2009-07-08 13:45:12      相关论文 相关书籍
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GenBank 概述

· 什么是GenBank? GenBank 是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。每条纪录都有编码区(CDS)特征的注释,还包括氨基酸的翻译。GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织,包括EMBL和DDBJ。

· 纪录样本 - 关于GenBank的各个字段的详细描述,以及同Entrez搜索字段的交叉索引。

· 访问GenBank - 通过 Entrez Nucleotides 来查询。用 accession number,作者姓名,物种,基因/蛋白名字,还有许多其他的文本术语来查询。关于 Entrez 更多的信息请看下文。用 BLAST 来在 GenBank 和其他数据库中进行序列相似搜索。用E-mail来访问Entrez 和 BLAST 可以通过 Query 和 BLAST 服务器。另外一种选择是可以用 FTP 下载整个的 GenBank 和更新数据。

· 增长统计 - 参见公布通知的2.2.6(每个分类的统计),2.2.7(每个物种的统计),2.2.8(GenBank增长)小节。

· 公布通知,最新 - 最近和即将有的变化,GenBank 的分类,数据增长统计,GenBank 的引用。

· 公布通知,旧 - 同上相同,是过去公布的统计。

· 遗传密码 - 15个遗传密码的概要。用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。

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