实验课程组织形式与教师指导方法通过以下几种方式进行：
目前的微生物工程实验课程分为“基础实验”、“综合性实验”、“趣味实验”、“科研小项目开放实验”，大多数实验课以大班（约40个人为一个自然班）教学形式为主。基础实验课的理论部分与实验操作要点由教师讲解或示范；综合实验从原料和设备器材的准备、菌种的活化、实验结果获取的全过程均由学生自己安排，指导教师只进行提示和技术指导；趣味试验通过揭示微生物工程在生活中的直接应用，旨在提高学生的学习兴趣；在学生进行上述两个层次专业实验技能训练的同时，吸引有学习兴趣和热情的学生参与各位老师的科研小项目，这些实验均反映学科发展方向及研究热点并带有探索性，让学生体会生物学科研究的多样性，感受现代生物技术在生物工程中的应用，对专业有一个更全面和深刻的认识。通过以上实验课程的安排，围绕生物学、工程学两个基础，对专业知识点进行整合和提炼，形成内涵丰富且工程特色鲜明的基本技能训练体系。