提取质粒DNA的目的是将细菌质粒DNA与菌体染色体DNA分开，并去除菌体残片及蛋白，以获取质粒DNA。目前广泛采用的SDS碱裂解法，其效果良好、经济且收得率较高。碱裂解的原理：碱裂解抽提质粒DNA是基于染色体DNA与质粒DNA的变性和复性的差异而达到分离目的。在碱性条件下，线性大分子细菌染色体DNA的氢键断裂，双螺旋结构互补链变性解开。质粒DNA的大部分氢键也断裂，但超螺旋共价闭合环状结构的两条互补链不会完全分离。当用pH4.8的NaAc高盐缓冲液调其pH值至中性，变性的质粒DNA又恢复到原来的构型，保存在溶液中为可溶状态。而染色体DNA不能复性，形成缠连的网状结构。通过离心将细胞碎片，染色体DNA与不稳定的大分子RNA，蛋白质-SDS复合物等一起沉淀下来被除去，质粒DNA则存在于上清中。采用此法可以得到足量的DNA，用于限制酶图的绘制、细菌转化、特定DNA片断的分离、常规亚克隆及标记探针的制备。
l 试剂盒组成、贮存、稳定性
u 塑料件：DNA制备管，2 ml 离心管。
u RNase A1：50 mg/ml。-20°C保存。
u S1 溶液：用于悬浮细菌沉淀。加入RNase A1后，4°C贮存，有效期为1年。
u S2 溶液：细菌裂解液（含SDS/NaOH）。若出现沉淀，应于37°C温育溶解并冷却至室温后再使用，室温密闭贮存，有效期为9个月。
u S3 溶液：中和液。可于4°C贮存，以节省实验时预冷的时间。
u W1 溶液：洗涤液。室温密闭贮存。
u W2 溶液：洗涤液。室温密闭贮存。
u 洗脱液：2.5 mM Tris-HCl, pH8.5。室温密闭贮存。
l 注意事项
1) 细菌过量将影响溶菌及质粒DNA的释放。
2) 在步骤3和步骤4中操作必须温和。剧烈摇晃，将导致基因组DNA的污染。但混合必须充分，否则影响得率。
3) 在加入S3溶液时，蛋白质和基因组DNA形成粘稠的白色絮状沉淀，必须充分摇晃混合均匀，使凝集块中间也得到充分中和。若离心后凝集块未沉淀到离心管底部，应再上下翻转混合数次，最高速度离心3 min。
4) 将洗脱液或水加热至60°C，有利于提高洗脱效率。
5) DNA分子具酸性，建议在2.5 mM Tris-HCl，pH8.5洗脱液中保存。
l 操作步骤
第一次使用时，将试剂盒携带的RNase A1全部加入到S1 溶液中，混合均匀，4°C保存。
1) 取1～4 ml 在LB培养基中培养过夜的菌液，最高速度离心20 s，弃尽上清；
2) 用0.25 ml 已加入RNase A1 的S1 溶液悬浮细菌沉淀，悬浮需均匀，不应留有小的菌块；
3) 加0.25 ml S2 溶液，温和并充分地上下翻转混合均匀使菌体充分裂解，直至形成透亮的溶液。此步骤不宜超过5 min；
4) 加入0.4 ml 4°C预冷的S3 溶液，温和并充分地上下翻转混合均匀，室温静置2 min。最高速度离心5 min；
5) 吸取步骤4中的离心上清并转移到DNA制备管（置于2 ml 离心管中），3600 rpm离心1 min。如制备管中有液体残留，适当提高离心速度，再离心1 min，弃滤液；
6) 将制备管置回离心管，加0.5 ml W1 溶液，3600 rpm离心30 s，弃滤液；
7) 将制备管置回离心管，加0.7 ml W2 溶液，3600 rpm离心30 s；以同样的方法再用0.7 ml W2 溶液洗涤一次。弃滤液；
8) 将制备管移入离心管中，最高速度离心1 min；
将制备管移入新的1.5 ml EP中，在膜正中央加60 ml 水或洗脱液，室温静置1 min。最高速度离心1 min洗脱DNA。