5.膜蛋白分离
有比较强的疏水性，可以用苯基或丁基琼脂糖凝胶FF 疏水色谱分离，如果是有糖基结构或者受体等，也可以用亲和色谱的方法。
6.纯化抗体和抗原
蛋白A 琼脂糖凝胶FF 可以用于分离纯化各种来源的抗体，包括抗血清、培养液以及腹水等样品。蛋白A 可以特异吸附IgG 的Fc 区，所以它也适合分离酶解后的Fc 片段，把Fab 片段和Fc 段分离。同时蛋白A 琼脂糖凝胶FF 也可用于血清中IgG 的分离，得到不含抗体的血清，蛋白A 琼脂糖凝胶FF 有很好的稳定性，能耐受37 度3-5 天而对柱子的性能没有影响，是分离抗体的最佳选择。
疏水色谱色谱填料苯基琼脂糖凝胶FF 以及DEAE 琼脂糖凝胶FF 也场用于抗体的分离，只是特异性不如重组蛋白A 琼脂糖凝胶FF 好。
纯化IgG 抗原最有效的办法是免疫亲和，具体的方法是把抗抗原的IgG 直接偶联到环氧活化琼脂糖凝胶FF 上，然后直接高pH 吸附，低pH 洗脱就可以得到需要的抗原。
对于高亲和力的抗体筛选，特别是小分子的半抗原，我们建议可以把半抗原偶联到环氧活化琼脂糖凝胶FF ，把只和抗原结合的IgG 分离，得到高亲和力的抗体，非常方便和实用，此外也可以选择氨基化琼脂糖凝胶FF 或羧基化化琼脂糖凝胶FF 偶联半抗原，特别是对那些不适合用环氧活化琼脂糖凝胶FF 偶联的半抗原。如果要偶联的是小分子的物质，需要用11 个碳原子亲和手臂的活化好的填料，这样才能克服空间位阻得到最佳分离效果，如果是大分子的物质，那最好用3 个碳原子亲和手臂的活化好填料就可以，这样栽量高，效果好。
IgM 和IgY 可用吡啶琼脂糖凝胶FF 亲和的方法把它们和杂蛋白分离。
7.纯化重组蛋白
重组蛋白构建已经考虑到纯化的问题，大大简化了纯化的步骤，但还是会遇到些实际的问题，所以需要详细阅读使用说明和注意事项。
(一)HIS 标签重组蛋白可以很方便用镍琼脂糖凝胶FF 分离，色谱填料已经螯合好了镍离子，使用非常方便，吸附载量更高，特异性更强，可以选择多种洗脱方式，是纯化这类融合蛋白的最佳工具。
(二)GST 融合蛋白在表达时同时表达了谷胱甘肽s 转酶，很方便用GST 琼脂糖凝胶FF 分离，然后再用肠激酶或凝血酶等酶解就得到表达的产物。而凝血酶可以用肝素琼脂糖凝胶FF 或苯甲脒琼脂糖凝胶FF 分离。
(三)蛋白A 融合蛋白可以用IgG 琼脂糖凝胶FF 分离。
(四)涵体蛋白的色谱复性: 离子交换和疏水色谱都在包涵体复性中有很好的效果，金属螯合色谱填料等亲和色谱填料也常用于带HIS 标签融合蛋白的色谱复性。
8.疫苗的纯化
疫苗可以用琼脂糖凝胶